Например, когда проектировали Московско-Петроградскую ("синюю") линию, то была задумана станция в районе Марсова поля. Но в итоге выяснилось, что там не только нельзя что-либо построить, но и необходимо увести пути глубоко вниз. Так появились так называемые "американские горки" в петербургском метрополитене, один из самых крутых спусков, который обычные пассажиры не замечают исключительно из-за мастерства машиниста, который правильно меняет скорость. Именно из-за геологии до сих пор нет ни одной станции метро в районе Пискаревского проспекта и шоссе Революции.
И именно из-за размывов и подземных вод поезд между "Московской" и "Звездной" идет так долго. Хотя ходят легенды, что именно там находится некий подземный город. Откуда он там взялся и зачем, не знает никто.
Станций "Адмиралтейская" должно было быть две. Вторую - на Невско-Василеостровской линии - сейчас не представляется возможным построить. Во-первых, потому что для этого придется останавливать движение на всем участке, во-вторых, потому что нельзя найти место для второго выхода (а по закону у каждой станции, даже в месте пересадки, он должен быть).
Не появились станции и на пересечении Литейного с Невским, на Большом проспекте, Светлановской площади, а также между "Площадью Александра Невского" и "Елизаровской" (самый длинный перегон).